Провідне місце в їх структурі – близько 60–74% – займає хронічний гастродуоденіт (запалення слизової оболонки шлунку й дванадцятипалої кишки). Рідше зустрічаються ізольований хронічний гастрит – 10–15%, функціональна диспепсія – 10–15%, виразкова хвороба дванадцятипалої кишки та шлунку – 7–12%. Слід наголосити, що кількість захворювань на виразку шлунку в дітей за останні роки збільшилася практично вдвічі, а у міських школярів за останні 10 років – зросла у 3 рази.
Серед причин хронічних хвороб шлунку та дванадцятипалої кишки у дітей – порушення харчування, генетична спадковість, потрапляння жовчі в шлунок, стресові ситуації.
Зовсім недавно мікробній флорі шлунку та її значенню у розвитку хронічних захворювань приділялося мало уваги. Згідно з дослідженнями, проведеними в 1970–1980-х роках, основними причинами виникнення запальних змін слизової оболонки шлунку вважали аліментарні (пов'язані з харчуванням) і нервово-психічні фактори. Твердження про необхідність корегування режиму харчування хворих на хронічні гастродуоденальні хвороби, його кількісний та якісний склад знайшло практичне застосування. А от концепція ролі нервово-психічних розладів у хворих на хронічний гастрит, хронічний гастродуоденіт залишилася переважно теоретичною. Застосування седативних засобів та антидепресантів, рекомендованих згідно з цією концепцією, призводило до тимчасового поліпшення стану хворих, не виліковуючи їх.
З  Часу відкриття патологом Робіном Уореном та гастроентерологом Барі Маршалом у 1983 році бактерій Helicobacter pylori (хелікобактер пілорі), що  інфікують різні області шлунку та дванадцятипалої кишки, настала нова ера в світовій гастроентерології.
Це, зокрема, дало змогу визначити, що ступінь інфікованості підвищується з віком: до 5 відсотків – у новонароджених, до 60–70 відсотків – у віці 13–15 років. Інфекційна теорія розвитку гастритів пояснює піки захворюваності в 3–4 та 7–8 років, коли діти починають відвідувати дитячий садок, школу.
Крім цих бактерій, виникнення хронічних гастродуоденальних захворювань викликають нерегулярне харчування, швидке вживання їжі за недостатньої її обробки у ротовій порожнині, вживання грубої їжі, різноманітних маринадів, копчених, гострих страв, спецій (гірчиця, перець), які подразнюють слизову оболонку шлунку та посилюють секрецію хлористоводневої кислоти. Має значення також термічне подразнення слизової оболонки шлунку, яке відбувається при вживанні надмірно гарячої їжі (чаю, какао, кави). Розвиток та прогресування хронічного гастриту провокує куріння.
Дію психогенних факторів можна розглядати як пусковий механізм розвитку гастриту. Багато дослідників вважають, що зростання захворюваності на хронічний гастрит пов'язане саме з високим рівнем психоемоційної напруженості, яка виникає найчастіше внаслідок гострого або хронічного психоемоційного стресу.
Негативно впливають порушення режиму дня, зокрема відпочинку, низька фізична активність дитини, негативний психологічний клімат у родині. Вплив внутрішньосімейних відносин на здоров'я дітей підтверджується зростанням кількості хворих дітей саме у неповних сім'ях – у порівнянні з повними – в 1,7 разу. Формування хронічних хвороб у дітей науковці пов'язують також зі станом здоров'я їхніх батьків та житловими умовами родини.
Зафіксований протягом останніх десятиліть ріст гастроентерологічних захворювань пов'язаний також із погіршенням екологічної ситуації в Україні. Заслуговують на увагу і дані про залежність хвороб органів травлення від якості питної води. Ендогенними (такими, що викликаються внутрішніми причинами)  факторами ризику розвитку хвороб органів травлення вважають спадковість, індивідуальні психологічні  особливості та особливості будови організму, порушення функціонування вегетативної нервової системи.
ПедІатрами України розроблені та затверджені у 2006 році стандарти лікування хвороб органів травлення. На думку дослідників, усім дітям, незалежно від ступеня ризику розвитку у них патології шлунково-кишкового тракту, рекомендується дотримуватися режиму дня, дієтичного харчування, загартовування, максимальне перебування на свіжому повітрі, руховий режим без обмежень, санація вогнищ хронічної інфекції, дегельмінтизація (за показаннями).
Дітям середнього і високого ризику рекомендовано включати в раціон продукти лікувального харчування, проводити оздоровлення в санаторіях гастроентерологічного профілю. Крім того, вони повинні направлятися до спеціалізованого відділення для комплексного обстеження, надання кваліфікованої допомоги та проведення належних реабілітаційних заходів.
Лікування захворювань органів травлення у дитячому віці належить до складних, суперечливих та недостатньо вивчених розділів педіатрії. З моменту відкриття Helicobacter pylori були запропоновані та застосовані принципово нові схеми фармакотерапії гастродуоденальної патології, зокрема виразкової хвороби у дітей. Але використання рекомендованих схем терапії високоактивними антимікробними препаратами не дає абсолютної гарантії виліковування хвороби, тому що стійкість штамів до антибактеріальних препаратів швидко розвивається. У частини хворих ці схеми викликають ряд побічних ефектів, які стають причиною їх відміни. Тому обмежуватися 1–2-тижневою антихелікобактерною терапією неможливо, як неможливо і "обманути" природу та різко прискорити біологічно запрограмовані явища. Необхідне обов'язкове "доліковування" за рахунок дії на інші ланки патології.
Дієтотерапія при хронічних захворюваннях
шлунково-кишкового тракту
Заборонено: кістковий та м'ясний бульйони, у т.ч. курячий; телятину; курятину; жирну свинину; качатину; печінку; мозок; нирки; оселедець; помідори (індивідуально); шпинат; щавель; варену цвітну капусту; петрушку; какао; чорний чай; газовану воду; холодні напої; здобу; листкове тісто; сметану; чіпси; ківі; оброблені для тривалого зберігання фрукти.
Обмежити: жирні страви; квасолю; боби; апельсини; шоколад; майонез; кетчуп; аджику; консервовані овочі; рибні консерви; консервовані фрукти; гуску; йогурт; річкову рибу (крім судака та іншої білої риби).
Рекомендується: супи та борщі на овочевому бульйоні; яловичина; нежирна свинина; курятина (1–2 рази на тиждень); індик; морська риба; яйце (одне на день); молоко; сир; кефір; каша (гречана, вівсяна, пшенична, кукурудзяна); овочі свіжі; квашені огірки, капуста, яблука; свіжі фрукти; соки з м'якоттю; морси (смородина, журавлина); компот із сухофруктів.
Діти постійно повинні дотримуватися такого режиму: достатньо часу перебувати на свіжому повітрі; фізичні та психічні навантаження повинні бути регулярними і суворо дозованими; обов'язкові водні процедури; тривалість сну – не менше 8 годин; скоротити час перегляду телевізора і роботи за комп'ютером (телевізор – 1–1,5 години на добу, комп'ютер до 6 років не рекомендується); перерви між вживанням їжі – не більше трьох годин. У зв'язку з обмеженням багатьох продуктів харчування в раціоні дитини рекомендується проводити курси вітамінотерапії в зимово-весняний період. Санаторно-курортне лікування показане в умовах питного бальнеологічного курорту.