Відомо, що у розпал національно-визвольної війни українського народу Богдану Хмельницькому довелося в 1654 році укласти військово-політичний союз із Московським царством, який воно відразу ж почало порушувати, розглядаючи Україну не як рівноправного партнера у війні з Польщею, а як нове надбання. У 1656 році московські правителі за спиною Богдана Хмельницького уклали сепаратне Віленське перемир’я з Річчю Посполитою, кинувши Україну напризволяще.
Після смерті Богдана Хмельницького і обрання на гетьманство Івана Виговського Росія стала все брутальніше втручатися у внутрішні справи Української козацької держави, підтримуючи антигетьманську опозицію, яку очолили політичні авантюристи і демагоги. Після придушення антиурядових виступів і загибелі провідників опозиції царська влада у боротьбі з Іваном Виговським почала спиратися на звичайних московських маріонеток – Івана Безпалого, котрий оголосив себе гетьманом, та якогось Силку – самозваного наказного гетьмана. Під приводом боротьби зі “смутою” російське військо вторглося в межі України, розпалюючи тут криваву братовбивчу війну. Гетьманські посли, які прибули до царя з вимогою припинити втручатися у внутрішні справи України, були заарештовані.
Відверто ворожі дії Москви змусили Івана Виговського поновити союз із кримським ханом і підписати 16 вересня 1658 року Гадяцький трактат із Польщею, який передбачав перетворення Речі Посполитої у федерацію трьох держав, рівноправним суб’єктом якої мала стати Україна під назвою Великого князівства Руського. На жаль, цей трактат не був реалізований, і європейський вибір України було на кілька століть втрачено.
В адресованому європейським володарям маніфесті гетьман Іван Виговський так пояснював причини розриву з Росією: “І не з іншої причини прийняли ми протекторат великого князя Московського, як тільки щоб нашу свободу, здобуту за Божою допомогою і освячену пролитою кров’ю, могли зберегти, а після смерті передати нашим нащадкам. Але цар не виправдав надій України, не надав їй допомоги проти ворогів, умовлявся з Польщею про поневолення козаків, наказав ставити фортецю в Києві, щоб держати нарід у ярмі… Та зрада підступної Москви слідна в усьому: вона готує нам ярмо – насамперед домашньою, громадянською війною, тобто нашою власною зброєю, без ніякої нашої вини. Все те ми виявили для нашої невинності, а тепер примушені підняти законну оборону та вдатися до сусідів з проханням про допомогу для своєї свободи”.
На початку жовтня 1658 року російські війська під командуванням Ромадановського вторглися в Україну і до кінця року захопили Лохвицю, Миргород і Лубни. На початку 1659 року їм на допомогу вирушило стотисячне військо під командуванням князів Трубецького, Пожарського і Львова, руйнуючи і спустошуючи все на своєму шляху. Містечко Срібне було спалене, а його жителі вирізані. Така ж доля спіткала Борзну, Прилуки і Ніжин. Про кривавий шлях російського війська ніжинський полковник Голяницький писав: “Москва наступає безбожна, все вогнем і мечем розорюють, церкви Божі палять; без всякого милосердя монастирі, священиків й іноків всіх під меч пускають, а більше того, над паннами добрими дівицями і попадями глумління роблять”.
Лівобережні козацькі полки чинили мужній опір агресорам. Полковник Гуляницький із п’ятьма тисячами козаків свого та Чернігівського полків протягом 70 днів витримував облогу Конотопа. Не мали успіху ні запеклі штурми, ні підкопи з мінами, ні безперервний гарматний обстріл.
Успішна оборона Конотопа дала змогу гетьману Виговському виграти час і зібрати майже 60-тисячне військо, до складу якого, крім козаків, входили наймані загони сербів, молдаван, поляків і німців. На допомогу підійшов і кримський хан із 40-тисячною ордою. 24 червня 1659 року перша сутичка з росіянами закінчилася перемогою козаків. 9 липня 1659 року, незадовго до дня Святих Петра і Павла, Іван Виговський із невеликим загоном та частиною орди переправився через болотисту річку Соснівку поблизу однойменного села і вдарив з тилу на росіян, які облягали Конотоп. Побачивши малочисленне козацьке військо, князь Пожарський почав атакувати його. Союзники поспішно відступили за річку. Тактика Виговського полягала в тому, щоб заманити ворогів до місця, де причаїлися основні сили козаків і татар.
Наступного дня Пожарський поновив наступ. Одна частина його війська перейшла через міст річки Соснівка, а інша готувалася до переправи. Виговський атакував авангард росіян, але під вогнем артилерії подався назад, знову вдаючи втечу. Російські війська кинулися навздогін і опинилися далеко від мосту. В цей час козаки раптовим наскоком з флангу порубали міст, загатили лозою, очеретом і шелюгою річку, в результаті чого вона вийшла з берегів і розлилася луками, перетворивши їх на болото.
Побачивши, що потрапив у пастку, Пожарський наказав військам повертати назад. Тут на ворогів налетіла орда, перейшли у наступ і козаки. Важка російська кавалерія і артилерія зав’язли в багнюці й стали мішенню для козацьких мушкетів, татарських стріл. Тисячі російських вояків (історики називають цифри від 10 до 30 і навіть 50 тисяч) загинули на заболочених луках – “справжніх конотопах”, як влучно висловився один із сучасників. Особливо багато російського війська загинуло при переправі. Полтавський літописець Самійло Величко з цього приводу писав, що “з тої поразки міг утекти до свого обозу під Конотоп хіба той, хто мав крилаті коні”. Побачивши відступ російського війська, по ньому вдарили з Конотопа козаки Гуляницького і захопили частину артилерії та обозу. Трубецькой хутко зняв облогу Конотопа і відступив табором до Путивля, відбиваючись від напосідаючої козацької і татарської кінноти.
Під Конотопом російська армія зазнала нечуваної поразки. У полон потрапили більше
5 тисяч вояків, у тому числі два боярини Бутурліни, князі Ляпунов, Львов і Пожарський.
Оцінюючи конотопський погром, видатний російський історик ХІХ століття Сергій Соловйов писав: “Цвіт московської кінноти, що здійснила щасливі походи 1654 і 1655 років, загинув протягом одного дня. Ніколи після того цар Московський не був спроможний вивести на поле такого блискучого війська”. Цар Олексій Михайлович з’явився перед народом у жалобному вбранні. Москву охопила паніка. Навколо столиці почали спішно відновлювати оборонні споруди, позаяк чекали появи козаків і татар. Іван Виговський швидко очистив від російського окупаційного війська Ромни, Лохвицю та інші міста Посулля. Здавалося, жадана свобода вже була такою близькою.
Проте козаки битву виграли, а війну програли. Основною причиною цього був розкол суспільства, різні верстви якого по-різному бачили майбутнє України, її устрій та зовнішньополітичну орієнтацію. Давалися взнаки і століття бездержавності, що сприяло розгулу анархії і появі різного роду самозванців, пройдисвітів і демагогів. Внутрішня опозиція, яка не схвалювала союзу України з католицькою Польщею, знову підняла голову. Кошовий Іван Сірко, який був патріотом Запорізької Січі, але не України, напав на Крим і змусив хана терміново повернутися додому, а Івана Виговського – до Чигирина. З новою силою в Україні запалала братовбивча громадянська війна. Скориставшись цим, російське військо знову вторглося в Україну. Не бажаючи нищення Батьківщини, Іван Виговський зрікся влади. Новий гетьман Юрій Хмельницький у 1659 році підписав нерівноправний для України договір із Москвою. Перетворення України на колонію було лише питанням часу.
Попри всі невикористані можливості у боротьбі за незалежність, Конотопська битва була і залишається одним із символів національно-визвольної боротьби українського народу, і про неї слід пам’ятати як про славну перемогу наших предків. Разом із тим її результати свідчать, що будь-яка військова звитяга залишається безрезультатною, якщо відсутня єдність народу та його провідників, коли загальнонаціональна справа підмінюється боротьбою за інтереси одного класу, партії чи групи олігархів.